Parafia Dobrego Pasterza w Warszawie – Miedzeszynie jest młodą wspólnotą. Pierwsze prace związane z tworzeniem nowego Ośrodka Duszpasterskiego rozpoczęto 6 lipca 2004 roku pod czujnym okiem Księdza Bronisława Micka.  Już 10 października została na placu odprawiona pierwsza Msza, której przewodniczył Jego Ekscelencja  Ksiądz Arcybiskup Sławoj Głódź. Podczas Eucharystii dokonał poświęcenia placu, krzyża i murów wznoszonej kaplicy. W noc Bożego Narodzenia została odprawiona pierwsza Msza w murach wznoszonej kaplicy, ale dopiero od 1 listopada 2005 wprowadzono stały porządek codziennych Mszy świętych.

Dekretem z dnia 11 grudnia 2008 roku Ksiądz Arcybiskup Henryk Hoser SAC erygował parafię i pierwszym proboszczem mianował Księdza Bronisława Micka. Ogłoszenie dekretu nastąpiło 25 grudnia.

Od 9 sierpnia 2009 roku nowym proboszczem parafii został Ksiądz Ireneusz Węgrzynowicz, który podjął wiele inicjatyw mających na celu zintegrowanie wspólnoty i dalszą modernizację kaplicy.

Od 1 lipca 2012 roku proboszczem parafii jest Ks. Marcin Ożóg.